Архиепископ Филони родился 15 апреля 1946 года. Рукоположен 3 июля 1970 года, имеет докторские степени по философии и каноническому праву. Был Нунцием в Ираке и Иордании и Папским посланником на Филипинах. Кроме этого, как сообщает радио Ватикана, архиепископ Фернандо Филони является экспертом по ситуации в Китае. С 2007 годы он был заместителем Государственного секретаря Ватикана.
Находясь на этой должности, архиепископ Филони стал одной из ключевых фигур Курии. Возглавив Конгрегацию евангелизации народов, он укрепит свое положение. В частности, как префект он будет влиять на назначение епископов, а подведомственных ему территориях.
Напомним, что в минувшем веке двое из бывших замов Госсекретаря Ватикана впоследствии стали Папами — Бенедикт XV и Павел VI.
Новым заместителем Государственного секретаря Ватикана сегодня же назначен архиепископ Анджело Беччу, Апостольский нунций на Кубе.